Клиника ИЭМ является структурным подразделением Федерального государственного бюджетного научного учреждения «Институт экспериментальной медицины» (ФГБНУ «ИЭМ»).
Институт экспериментальной медицины образован Указом Государя Императора России Александра III «О принятии Института экспериментальной медицины в государственное достояние и даровании ему наименования «Императорский» от 6 декабря 1890 года.
В качестве структурного подразделения Института экспериментальной медицины Клиника существует с 1981 года.
В соответствии с Уставом, ФГБНУ «ИЭМ» является научной медицинской организацией.
ФГБНУ «ИЭМ» является унитарной некоммерческой организацией, созданной в форме федерального государственного бюджетного учреждения.